Manejo de Áreas Protegidas y Ecosistemas Prioritarios
Desde sus inicios en 1979, PROFAUNA A.C. ha organizado ciclos de conferencias sobre recreación en áreas naturales protegidas (ANP´s). Pero a partir de la década de los 80´s y durante 10 años fue corresponsable junto con la Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro, SEMARNAP y el Servicio de Parques de los Estados Unidos (National Park Service), de capacitar a técnicos mexicanos en su gestión y operación.
Desde entonces, PROFAUNA A.C. ha elaborado propuestas de decreto de Áreas Naturales Protegidas (ANP´s), ha participado en la elaboración de propuestas de leyes y normatividad para la conservación de ANP´s, y desde 1997 se ha encargado de operar la Reserva Natural Estatal de la Sierra de Zapalinamé en Coahuila. Además, actualmente personal de la organización participa como consejeros técnicos en 6 ANP´s., ayudando a definir las actividades y proyectos para ser implementadas en ellas.
Programa de Fortalecimiento de Áreas Protegidas
Este programa está enfocado, como su nombre lo dice, a implementar acciones y proyectos que fortalezcan la operación y conservación de áreas protegidas; tanto, públicas como privadas.
Dentro de este programa se han implementado diversos proyectos
Programa de Operación de la Sierra de Zapalinamé
Derivado de los esfuerzos de gestión para el decreto de la Sierra de Zapalinamé como un área natural protegida, PROFAUNA A.C. fue nombrada en octubre de 1996 como la responsable de la recién creada Zona Sujeta a Conservación Ecológica, Sierra de Zapalinamé, iniciando actividades formales en mayo de 1997. Como parte de los esfuerzos de conservación, PROFAUNA A.C. ha diseñado programas operativos, los cuales desde el 2008 son quinquenales; y realiza permanentemente acciones de educación, comunicación, turismo, restauración, reforestación, gestión y desarrollo comunitario para asegurar su conservación.
Programa Ecosistemas Prioritarios
Este programa busca garantizar la continuidad de los procesos biológicos que ocurren en los ecosistemas representativos y/o de componentes importantes, endémicos o bajo alguna categoría de protección que coadyuven a la preservación, conservación y representatividad de especies icónicas, endémicas, prioritarias, emblemáticas y/o con alguna categoría de protección de flora o fauna en los ecosistemas representativos de toda la República Mexicana, pero con mayor énfasis en los estados del Norte donde la organización tiene presencia, como Coahuila, Chihuahua, Nuevo León, San Luis Potosí y Sonora.